Shōgun van FX is gebaseerd op de roman van James Clavell en speelt zich af in Japan in het jaar 1600, aan het begin van een eeuwenlange burgeroorlog. De Japanse Lord Yoshii Toranaga vecht voor zijn leven wanneer zijn vijanden in de Raad van Regenten zich tegen hem keren. Wanneer een mysterieus Europees schip vlak bij een vissersdorpje strandt, maakt Toranaga kennis met de Engelse loods, John Blackthorne. Blackthorne draagt informatie met zich mee die Toranaga zou kunnen helpen de machtsbalans te laten omslaan, en die daarmee ook de invloed van Blackthornes vianden, de jezutische priesters en Portugese kooplieden, volledig teniet zou kunnen doen. Toranaga en Blackthorne delen hun lot met hun tolk Toda Mariko, een geheimzinnige christelijke edelvrouw en de laatste van een in opspraak geraakte bloedlijn. Terwijl ze haar heer dient in het gespannen politieke landschap, moet Mariko haar nieuwe vriendschap met Blackthorne zien te combineren met haar geloof en haar plicht tegenover haar overleden vader.